就在李存真率領的主力一面佯裝掘土攻城一面隱蔽着真的掘土攻城的時候。江西的清軍已經做好了出擊的準備，巡撫張朝璘和提督董衛國一起率領兩萬大軍，乘坐二百三十艘戰艦朝着安慶開進。閩浙總督李率泰，浙江巡撫史紀功率領一萬六千綠營兵，四千八旗兵，兩萬輔兵共計四萬大軍浩浩蕩蕩從湖州出發，北上直逼常州。提督佟國器率領七千綠營，三千蒙漢八旗，一萬輔兵從嘉興出發，殺氣騰騰直逼松江。
南京，古號金陵，六朝古都也。氣勢恢宏，大氣磅礴，所處虎踞龍盤之地，自然有一派王者氣象。朱洪武修建的南京城，用上好的磚石兩萬萬塊。南京城內外四層，最外的叫做外城，城門十六座；向內分別是內城、皇城和宮城。內城有城門十三座，還有一段皇牆，連接內城與鐘山，皇牆上置城門兩座，把孝陵夾在皇牆和玄武湖之間。
李茂之說道：“南京城宏偉高大難以突破。去年國姓爺率領水師攻南京，走的便是北段。下船登岸便直面內城。搶佔獅子山爲陣地，居高臨下便能一鼓作氣拿下南京。”
陳顯祖搖頭說道：“可惜，國姓爺失敗了。我認爲對國姓爺來說佔據獅子山一股而下南京這個可能，他在銀山大敗管效忠，滿清銳氣盡喪。但是對於我們來說就不太實際。首先是我們水師沒有國姓爺強大，特別是我們的大船沒有國姓爺多，而且國姓爺有大熕船和大戰艦八十多艘，我們只有三十五艘炮艦，大熕船級別的只有海上飛龍號，其他十二艘面前算得上大戰艦級。而且曹海濤西進分出了一些船隻，導致我們無法在儀鳳門外登岸，畢竟我們的炮沒有國姓爺多，根本沒辦法用火炮封鎖灘頭。跟清軍搶灘頭的話，清軍有地利優勢，我們又沒辦法像達素和洛託那樣聲東擊西把清軍調開，他們天天在城牆上看着，看到我們登陸纔會出擊，這麼一來，雙方交戰怕是損失會很大，而且我們未必能佔到便宜。再一個就是我軍其實沒有國姓爺人多。我軍雖然有六萬戰兵，但是有兩萬七是馬逢知反正的綠營兵，雖然不能說是弱吧，可是我沒見過這些人打仗，在我看來終究還是靠不住的。如果這羣老爺兵撒丫子一跑，對軍心的打擊可想而知，那就是變相鼓舞了清軍啊，我們這次南京大戰沒開始就完蛋了。再一個，王金玉的五千精兵那確實是能打的，打真臘、打安南，王金玉的兵都參與了，可是現在這羣人已經逆流而上去打蕪湖了，現在我們最有把握的就是老營的八千人和鄭軍七千人，再就是我們自己新訓練的一萬五千浙江、江西的義勇。加在一起勉強算三萬。”
陳顯祖突然笑了笑繼續說道：“雖然我們的人比國姓爺的少，但是我們更爲精良，我們有線膛槍，弄到高碳鋼後到目前爲止已經生產了有三千隻了，只不過其中的火槍手訓練還有所欠缺，但是應付滿清足夠了。燧發槍我們也發展出了六千隻了，陸戰用的火炮將近一百門，所以我覺得我們比國姓爺更擅長陸戰，在陸地作戰我們應該可以完暴滿清，即便不用南洋火槍和燧發槍，就用八千鐵甲軍也足夠幹翻滿清江南、江西的大兵，所以我以爲從陸路突破最爲恰當。不光是城牆的問題，南京這麼大，巷戰也是個問題。”
李茂之想了想對李存真說道：“陳先生所言甚是。大頭領此前也說過南京雖然虎踞龍盤但是若是從東和南進攻便可能得勝。我軍水師雖然不如鄭軍，但是切斷南京水上增援已經足夠。我軍從東面，南面而來目前已經使南京無法得到東、南的援助物資和人員援助。破城正在此時。”
李存真點了點頭說道：“突破南京外城可以從東面，南面兩個方向進攻。我認爲從南面進攻更有優勢。外城東的仙鶴門和麒麟門與內城相距太遠，而且就算攻克這兩處城門，攻擊內城的時候我們可能遇到皇牆的阻攔，這道皇牆從南到北，十分高大不容易對付。南面就不一樣了，上坊門、高橋門、夾崗門三座城門距離內城較近，不會受到皇牆的側面威脅。而且這裏還有秦淮河，我們的重型火炮可以通過秦淮河順流而下，一直運到內城的正陽門外。”
陳顯祖說道：“某以爲外城突破不難。”
“哦？”李存真聽到趙無極如此說法，問道，“先生快快道來。”
陳顯祖說：“我軍人數衆多戰兵到如今已經將七萬之數。而南京城內也不過七八萬人而已，其中戰兵沒有我軍多。情報不是已經送過來了嗎？南京城內團勇有五萬人，而且軍心不穩，其餘的兩萬戰兵也都是驚弓之鳥。南京城磅礴如此，七八萬人守城沒問題，可是五萬沒有軍心的團勇和兩萬驚弓之鳥守南京是不夠的，更做不到無懈可擊。滿清兵力不足，大規模收縮，如今戰兵龜縮內城，外城都是團勇。所以我以爲清軍不會與我軍拼命地爭奪城牆。”
“有道理！”李存真應和着說。
陳顯祖繼續說道：“想要突破南京外城，我以爲可以聲東擊南。我們有七萬之衆，大軍屯於仙鶴門外，掘土攻城。掘土可以大造聲勢，以爲疑兵之計。然後我們以精兵偷襲南面城牆，用雲梯繩索爬城，一鼓作氣殺上城去就能驅散清兵。”
李茂之說道：“此妙計也！”
李存真卻笑着說道：“早就已經在掘土了，再掘土豈不多餘？”
陳顯祖問道：“大頭領的意思是？”
李存真笑着說道：“只要大軍這兩日接近上坊門，自然就見分曉了。”
次日凌晨，關盛年、楊再輝、孫桐等人率領七千原明鄭兵趁着夜色悄悄接近上坊門。上坊門外五十步點着二十多個火盆，此時是凌晨火盆裏的火已經燒得不那麼旺盛了。楊再輝停住大軍率領二十人接近城門，然後朝城上喊道：“辣姜哥？”
“是輝兒嗎？”城上向成下問道。
楊再輝看了看城上，夜色昏暗，看不清楚，於是楊再輝喊道：“地振高崗，一派溪山千古秀！”
“門朝大海，三河合水萬年流！”
楊再輝見確實是姜誠，便大着膽子走到城下擡頭一看，城上果然是姜誠。姜誠扔下一根繩子，楊再輝順着繩子爬上南京城牆。
