丘橓所奏之事，立即傳遍朝野。
真相是朝廷派出的御史呂毓昌在歸德府上，查出河工貪腐之案，被府同知買通其下人所害，歸德府知府命仵作偽造其自殺，以此為結論上報朝廷。
至於其他還有知情不報，有貪污河工銀犯事官員。
其中有在河道衙門，布政司，按察司，御史任職官員，還有萬曆十年十一月後從河南調任至他處的官員。
一共一百二十五名官員涉案。
其中二品以上官員兩名，河道總督李子華，現任右布政使董汝漢。
三品以上官員三名，原河南按察使（已致仕），河南道參政，大梁道參政方進。
四品至七品官員三十九名，河南沿河州府縣官員，甚至監察官員大多在列。
天子從初期的震怒，怒不可遏，待得知這麼多官員涉案后，則是成了一臉懵逼。
於是天子下令刑部左侍郎（刑部尚書潘季馴被彈劾回家）主審此案，兩日後刑部左侍郎上表稱疾。
天子又命大理寺協理此案，大理寺卿上表年老告致仕。
天子聞言震怒，這還有沒有王法了，各個都怕得罪人，不敢擔當。
刑部，大理寺推託，三法司只剩下一個御史台。
御史台里老成持重的官員紛紛推託，倒是有一群愣頭青口口聲聲的要殺盡貪官，整肅官場，但他們這麼說，反而不敢將此案交給他們去辦。
天子當下氣不打一處來，刑部，大理寺，御史台都在推脫，沒有一名官員敢出面任事。
好，那就給朕一起幹活！一個也不準逃。
於是天子下旨三法司會審！
如此案子方有人辦，但三司官員湊在一起，足足審理了一個月，仍是沒有任何結果。
天子本想他們群思群議，拿出一個決定來，但卻成眾官員推諉扯皮之處。
而其間無數人或出面，或請託，在三法司官員那替人說情。
與其同時丘橓的名聲，也有一天一地的變化。丘橓奏章剛上時，讀書人是一片叫好，認為其有風骨，不愧是嫉惡如仇，眼睛里摻不得沙子的好官。
但風向後來立即有了變化，如之前丘橓所彈劾的官員，就有不少人在這時喊冤叫屈。
特別是他主審張居正案，籍沒張家之事，被拿出來說。他逼死張敬修，以及辱及張家女子，欺負孤兒寡母之事被公之天下。
最重要是他言之鑿鑿說張居正貪污了兩百萬，但最後抄家只得二十萬兩，甚至連寄髒的曾省吾等三名官員家裡都抄了，結果也還不到二十五萬兩銀子。
但丘橓仍覺得自己沒錯，不僅沒有把責任攬在自己身上，反而怪當時湖廣官員縱容包庇，使得張家從容轉移財產。
此事在街頭巷尾議論紛紛，然後就有官員上表說丘橓，在抄沒張居正家中所為，並質疑丘橓如此酷吏，那麼他在河南辦案，是否真的過苛？
此表一上，李植等當初彈劾過張黨的御史們坐不住了，當場上奏章維護丘橓。
於是朝廷上奏章往來，成了一場罵戰。但是這一次輿論都不站在，主持清算張黨的李植等御史這一邊。
追究當初丘橓抄沒張家的奏章絡繹不絕，與李植等御史形成罵戰。
申時行府上一時間車馬不絕，官員們都上門求申時行出面，在天子面前保下河南官員。
就在這時，林延潮的奏章抵京師。
林延潮奏章彈劾原歸德府知府，同知主謀了御史被刺之案，河道衙門監督不利至河工敷衍，除此二處外，於河南道其他官員一字不提，等同於保下了這些官員。
林延潮奏章一上，本是磨磨蹭蹭一個月多的三法司會審官員立即精神抖擻，馬上有了結論。歸德府知府，同知為首犯，但河道衙門，及其餘官員雖有失職之處，卻並非大罪。
於是天子召三輔臣議事，最後商議此案。
當時議論經過外人不得而知，只是後世申時行所撰的文章中窺得一絲半點。
天子召三輔臣至乾清宮暖閣問道：「河南大災，小民不得安生，其罪乃關於吏弊，或是朕德不修？」
申時行對道，臣等竊見近年以來，並非河南一地，各處奏報災傷，如陝西亢旱、江南大水、江北又有蝗蟲。但河南黃河衝決，委的災傷重大。皇上聖德方隆，豈宜有此？這是臣等奉職無狀所致。臣等自當痛加修省外，整治吏弊。」
天子容色稍寬曰：「丘橓參劾河道官員貪墨，不恤百姓。這些官員當如何處置？」
申時行對道：有司為民父母，若是貪贓壞法，百姓不得安生，自當問責有司。臣有等一得之愚，眼下河南百姓於水深火熱之中，嚴懲貪官污吏並非治本之道，若要救百姓，平息民怒在於蠲免賑濟。」
天子道：「太后說憨山大師有言，朕即位以來，雖是天下太平，但對官員懲罰不免太重，昔日張江陵之案，因言官彈劾不休，牽涉太多官員，官員們人心惶惶，以至朝綱動搖，故而天下才有這麼多災害。朕反思再三，打算恩撫天下。」
申時行道：「聖見高明，深切時弊。臣等不勝仰服。容臣等撰擬手敕，上請聖裁施行。」
天子道：「可。」
於是申時行退下后擬旨，天子御覽后昭告天下。
謀害御史呂毓昌的三位奴僕，偽造假證的仵作等一律秋後問斬。
指使殺人的原歸德府同知，勒令自盡。
包庇縱容的歸德府知府籍沒家財，刺配流放遼東，遇赦不赦。
右布政使董汝漢調廣東右布政使。
河道總督李子華等其餘官員盡數罰俸。
被殺御史呂毓昌追贈參政銜，以三品官之禮下葬，朝廷於其家鄉表彰其忠節。
丘橓破案有功，增俸一秩，林延潮稟案情有功，賜銀百兩。
最後天子重申，不許言官再拿張居正案說事，御史李植，江東之，羊立可等盡罰俸一年。
但官員得得失失，並非如此簡單，這一次申時行與言道的交鋒，最後言道敗北，申時行大獲全勝。申時行保住了相位，贏得天子信任，並博得寬大之名。
而丘橓雖被天子嘉獎，但遭眾官員彈劾下，清名盡毀，向天子請求辭官。
天子准予致仕。
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