太祖武皇帝，諱珣，字文琪，姓公孫，幽州遼西郡人，世居令支。公孫氏幽州望族，累世簪纓，多出二千石，歷兩漢而不衰。父文皇帝霸，形貌魁偉，慷慨然諾，為鄉里所重，家貧為郡中小吏。漢永壽元年元月，霸自州中歸，路遇一女自井中出，自言沛國譙人也，墜井，恍惚間已至此處。霸察其顏色、言語、衣物，皆大家所有，遂納之，即孝莊文皇后也。居半載，霸病亡，后已有身，遂不復嫁，寡居養遺腹子，即太祖也。后識文字，通經史，雅善詩頌，能自為歌賦。兼善商貿，知財貨，建商號曰“安利”，凡二十載，遍植幽冀，廣布塞外，驅四野雜胡為奔走，通長城內外之有無，遂安坐致鉅億。樂善好施，救助孤寡，族中敬之，皆呼曰公孫大娘。太祖終生未嘗為貲財所困，以是不重外物，唯以人為本，能得眾心，皆后之功也。
太祖少孤，為母所撫，愛敬盡于事親，故以孝名聞于郡中。及長，身長八尺，容貌甚偉，習于文學，嫻于武事。有英霸之器，超逸之才。更兼結納賢士，知人善用。郡中皆謂公孫氏麒麟兒。熹平三年，年十八，為郡中吏，遇鮮卑寇邊，將三十騎夜出盧龍塞，大破之，由是聲震河北。韓當時為遼西郡武吏，程普為右北平郡長史佐吏，從太祖破敵，皆敬服，普自投門庭，當棄職相從，為元勛之最。從弟越、范，亦唯太祖馬首是瞻。郡君聞之，大悅，以太祖郡之芝蘭，武事雖佳，更宜別修經傳，遂書薦太祖與從兄瓚、從弟越至洛陽緱氏山，拜于盧植門下。
太祖與同門往洛陽，過冀州，眾皆寶車裘馬，前呼后擁，日行于官道，夜宿于郡中豪右大家，獨太祖曰：“往來別處，不可不先存問風俗。”乃行小道，入窮鄉，盡知地理虛實。有鉅鹿南和令崔敏者，為清河名士，見太祖，大驚之。曰：“吾見天下名士多矣，未有若君者也！君善自持，將來必成大器。愿以妻子為托！”
至洛陽，適盧植以平叛出為九江太守。太祖乃與族兄公孫瓚、族弟公孫越共學于緱氏山，瓚慷慨豪邁，越聰敏謹慎，帝師光祿勛劉寬見而愛之，盡收為弟子，傳以家學《韓詩》。其中尤重太祖，常自言將以身后事托之。寬性灑脫，寬仁好酒，日攜太祖等悠游，以是多識洛中人物如王邑、傅燮、許攸等。
太祖以緱氏地當要沖，四方貧困之士多至，恐有衣食無著者，遂設緱氏山義舍，往來之士，飲食住宿，一毫不取。燕趙子弟多慕其兄弟之豪，爭相攀附，引以為榮。洛陽城中，亦有盛名。涿郡劉備，為太祖同窗，時年十五，家貧無所依，而素行跳脫，走馬斗狗，賽車賭酒，無所不為。眾皆不屑，太祖獨愛之，予之衣馬玩好，視同兄弟，備亦以兄禮事太祖。
太祖入劉寬門下數月，盧植自九江返洛，仍居于緱氏山。既身奉二師，常輾轉于洛中、緱氏，執禮甚恭，未嘗有異色也。宛洛士林，皆稱其德。植弟子呂范，素有才德，長于識人，與太祖一見傾心，知其將來必成大器，乃私約為君臣。
熹平四年，議郎蔡邕上疏朝廷議立石經，盧植上《請立古文官學表》，今古文各家，交相詰難，眾議難平。太祖乃于緱氏山置酒會，邀二師親臨，席間率諸生跪請石經兼刻今古文毛、韓詩。二公欣然應諾，連繩上表請之，朝廷嘉許，內外傳為美談。太祖與瓚、越，亦奉師命參與其事，更立鉤識句讀之法。今世間遍行之鉤識，即太祖所傳也。邕見之，以為奇，乃與太祖深相結納。太祖于是請邕取各家紙坊之長，于遼西試制新紙，即今之公孫紙也。
袁紹母喪，太祖等往吊之，紹慢不為禮。瓚怒而返，太祖混若無意。韓遂往吊，見而嘆服，與太祖同車深談，引為知己。
熹平五年元月，孝莊文皇后書召太祖返鄉，太祖辭行于師友。劉寬、盧植、蔡邕諸尊長即為太祖行冠禮，論其字，一曰公琪、一曰文琪、一曰子琪，爭辯良久方用文琪。后數年，有左近贊曰：“此三字皆美也，公年少必英武過人，方得此厚愛。”
太祖攜越、當等北返。臨行，邕贈手書七經及佛家四十二章經，為孝莊文皇后壽。南陽名士婁圭，常于義舍流連，深感厚恩，聞太祖還鄉，自請追隨。
昔前漢元康年間，涿郡有大姓西高氏、東高氏，自郡吏以下皆畏避之，莫敢與牾，咸曰：“寧負二千石，無負豪大家”。后百年，太祖過河北，見民生艱難，復聞童子傳此舊謠于路邊，乃駐馬于側，喟然良久。婁圭、韓當并在其側，乃避左右諷曰：“天下崩壞，正當英雄用武之時也，君當勉之”。太祖斥曰：“田畝荒蕪，民不聊生，不思報國，何談己身？”圭、當并慚，乃退。
既返鄉，孝莊文皇后以太祖自幼失怙，時漢末紛亂，疾疫橫行，常憂本家無后。以家富，乃陰購美婢百人，教以文字、數術、音律、舞蹈。待加冠，即奉之充其后幃。太祖至孝，不得推，皆納之。然至婚前，美婢前后羅列，溫香軟玉，以目傳情，太祖依舊舉燭苦讀，坐懷不亂，由是名聲日重。
三月，郡中驟遇鮮卑萬騎侵入，于柳城虜郡守母，載以叩郡治陽樂。太祖臨盧龍，又匯兵數千，欲有所為也。然遼西廣闊，自盧龍出柳城三百里，出陽樂五百里，所慮尤無能也。時婁圭在側，獻奇計，欲以太祖親身犯險，左右皆怒，拔刀示刃者數矣。太祖乃排眾曰：“子伯者，棄家來投，千里相隨，吾視之為股肱，安可疑乎？”遂行。
太祖與公孫范、程普、韓當、婁圭五騎疾趨柳城，挾鮮卑莫戶部，偽為胡騎，突入陣前，賊以矛突普，普赤手奪矛，反挑殺之，復棄矛，如是者再三，鮮卑膽寒，俱大驚而退。太祖在后喟然曰：“當時虎臣，何如程德謀者？”普由是知名塞外。韓當亦臨陣射殺鮮卑中部大人柯最坦。
太祖既救郡守母而歸，乃與圭、普立于丘上觀漢軍擊鮮卑，兩萬騎卒，呼嘯如潮，天地變色，一擊而破。圭大嘆曰：“人生于世，大丈夫當領萬軍如是！”太祖笑曰：”既如此，若得勢，且與你萬騎。”遼西太守趙苞在側，既感其恩，又壯其言，愈奇之。戰后即以女妻之，即孝武趙皇后也。或曰：“君少年知名，前途坦蕩，然與太守婚姻，惜乎以避嫌失郡中孝廉之途也！”太祖不悅：“吾輩擇偶但以德行觀之，焉能論前途得失？”不數日，幽州刺史劉虞過遼西，見太祖，大喜曰：“見君如遇美玉也，豈能棄之野地？”郡中議論，皆言太祖將舉州茂才也。然不日，有使自洛中至，乃三公并舉，以天下紛擾，特以勇猛知兵法科，公車直入洛中。鄉人乃復贊曰：“錐處囊中，其穎自出也，遼西公孫，豈慮前途乎？”
太祖公車入洛，須臾不停，過私門而不入，直入恩師太尉劉寬府中。鄉中故人陽球在座，乃戲曰：“君何其速也，憂得劣官乎？”太祖慷慨曰：“國家板蕩，四海不寧，正當吾輩用命之時，珣正憂不得其職也，豈以名利患之？固求邊郡軍職，以效國家！”座中自陽球以下，皆正色避之。劉公亦壯其言，乃表別部司馬，出屯雁門。蔡邕聞太祖將行，盡托藏書數千卷，囑之運返遼西版印。
太祖攜韓當、呂范至雁門平城，凡數月，上至刺史、兩千石，下至白身、黔首，莫不赤誠以待，推心置腹。乃至于上下一體，豪杰相投。曾將兵十余，護徙民千余過黃河，有賊知其兵少，夜窺營寨。太祖坐于帳前，指揮若定，賊首舉箭指之，然目其風儀，不忍殺，乃射轅門火盆而去。其得人心如此。又明察太守之惡，遂單騎往謁刺史董卓。得專署，衣不解帶，徹夜而返，一日而發其罪，便檻車洛陽。蓋勢如雷霆，乃郡中驚怖，上下惶恐，以至官吏不署。太祖于府中觀郡中文書，察事業凋敝，民生艱難，乃嘆曰：“天下洶洶，皆此僚也！”遂奮不顧名而親執郡政。旬月之間，督理吏治，清察弊端，勸行農桑，舉薦賢才，待新府履任，已政通人和，百廢具興也。至八月，整軍已畢，會獵白登山校武，獲白鹿而歸。
熹平五年十二月，朝議北討鮮卑，分三路出塞邀擊，太祖以別部司馬隸于右路護烏桓校尉夏育。鮮卑可汗檀石槐令三部大人逆戰之，三路隔絕，軍情恍惚。太祖燭見萬里，窺得虛實，乃于晚日軍中用飯時急謁之，自請為前部，不避劍矢，疾趨彈汗山。育許之，太祖即拔本部千五百人，兩日連趨百里，直至歠仇水下，鮮卑王庭方五千兵，見之震恐，待大軍援，將畢其功于一役也。然中路使匈奴中郎將臧旻忽敗，使麾下屬吏孫堅突圍告之，育聞之，亦肝膽俱喪，乃遺輜重、棄太祖而走。太祖深夜聞之，仰天嘆曰：“夏育雖惡，然軍中士卒皆無辜也，且若其為檀石槐銜尾所食，則燕代之地無兵矣，數郡百姓將為荼毒。”乃決意夜渡歠仇水，火燒彈汗，以身誘檀石槐回軍。將渡，諸將皆努力爭先，自求先登而請太祖安坐河南，太祖厲聲問曰：“臨陣奮戰，大丈夫豈可隔河而望活乎？”言盡，乃以一部疑兵臨橋擾敵，自領軍暗以馬匹連繩相結做浮橋，遂親握馬首而渡。既渡，不及披甲，便復發神武躍馬突陣，眾將隔河觀之，無不振奮，乃爭相入水。敵軍甚眾，太祖既當先而戰，又無甲，乃屢受刀矢。凡受數創，皆不裹，凡受數矢，皆折而擲地，由是三軍用命，賊眾喪膽。當是時也，將有失馬者或拽袍澤馬尾突陣，士有矢盡者皆索鮮卑尸身續射，故賊雖眾，仍至速敗。太祖乃迫近王庭，舉火焚之，夏夜風盛，其光煙直映百里，震動漠南。鮮卑軍望見，紛紛北走救之，漢軍大部幸而得返。太祖創重昏迷，范、當護之，死戰得脫，又遇雨失道，幾死者數矣，賴天佑沿河重入塞內，遂返屯平城。高順時為軍中陪隸，有大功，太祖拔為軍侯，賜字素卿。
秋，雁門饑，太祖發軍糧兩屯于太守郭缊賑之。郡中豪強大戶聞之，無不感佩，遂協力出糧，一郡賴以得安。八月，迎趙皇后，成禮于平城。
十月，朝議三將下獄，拜太祖為中郎，以功特加千石，爵公大夫，赴洛入郎署。隨行義從俱乘白馬，白馬義從之名自是而起。過河內孟津，逢日食，士民驚恐奔逐，唯太祖巍然不亂，自斬座下馬首而震眾心。須臾，日食過，孟津乃安，士民官吏無不膺服。及登船，左右問曰：“公何所恃？”太祖曰：“天象有常，君子自不懼也！”待渡河，有使來告：“君師劉公以天象罷三公之位。”太祖面不改色：“君子自強，如此瑣事，何告之也？”左右愈服。及入洛，以中郎拜尚書臺行事，晚謁寬。相談至夜，將走，寬度太祖年歲日長，雄氣漸成，乃臨門拗其袖嘆曰：“漢室興亡，將操于文琪手也，慎之！”太祖不知其意，兼以前言誅宦事宜，乃徐答曰：“王甫根基已動，小兒輩自破敵，恩師但于內堂安坐。”寬自知失言，乃曰：“善。”
太中大夫段熲，阿附中常侍王甫，甘為爪牙，權傾朝野，其在洛中，時人未敢高聲言于目前，唯太祖常與其痦。前罪將夏育、田晏，遇赦為庶人，返鄉途中被殺于道。熲疑太祖所為，于銅駝街前相質，時熲引數十人，太祖凡一人，天色既暗，熲乃引眾拔刀欲行不利，喝曰：“小兒輩以吾刀不利乎？”太祖曾不色變，昂然抽刀對曰：“天下健者，豈唯段公？”話音落，京師大震，房屋官寺坍塌者不計其數，熲大驚而退，由是喪膽。
年末，南宮尚書臺有雌雞化雄，一身毛皆似雄，但頭冠尚未變。及發，洛中震恐，閹寺遮面而走，士人輿論洶洶。當日，復又交州事變，四郡陷落。南宮平城門無故自塌。太祖為尚書郎，親目所見，愕然當場。待歸，更與王允、田豐等急謀誅宦。
熹平七年初，太祖遷為中都官從事，與王允等合推陽球為司隸校尉。蔡邕欲上疏請誅宦，先以家人及藏書萬卷托付太祖。及疏上，果下獄論死。太祖等奮力營救，改流放朔方。王甫誣告靈帝宋皇后行巫蠱之事，靈帝廢后，宋氏族誅于市。帝師光祿大夫橋玄幼子被賊所挾，太祖設計救之。玄壯其志，感其恩，乃自請為司徒領尚書事，以助太祖等誅宦。
三月，朝議改元光和。王甫使門生于京兆界辜榷官財物七千馀萬，京兆尹楊彪發其奸，言之司隸。時甫休沐里舍，颎亦歸家。球欲假詣闕謝恩，因奏甫、颎及中常侍淳于登、袁赦、封羽等罪惡，唯慮甫聞訊入宮相持，便不敢行。太祖乃自告奮勇，率義從堵截其舍。待至，不及陽球得旨，太祖即刻親持刃相博，引義從攻殺入舍，先擒甫及子萌，復拖其發冠至門前看管。甫臥于血泊，惶然問曰：“不得旨而殺兩千石，死罪無赦，于君何益？”太祖慨然應曰：“汝父子族人五毒俱備，貪鄙殘命，天下苦之久矣！既已發動，自有進無退，便以亡命江湖，亦要為天下誅汝曹！”既攻，洛中士民臨街而觀，復聞此言，皆踴躍相頌，固知王甫無生矣。太祖既誅王甫，復磔其尸于夏城門，大署榜曰“賊臣王甫”。盡沒入財產，妻、子皆徙比景。左右或勸曰：“行事酷烈，早晚或遭反噬。”太祖凜然對曰：“日食地震，雌雞化雄，若不盡誅彼輩，大漢焉有早晚？”
太祖與陽球等誅滅王甫、段熲、陳玖，驅除袁赦、張奉、淳于登等，獨曹節奸狡，先入北宮，以是脫逃。陽球與永樂少府陳球、步兵校尉劉訥、司徒劉郃合謀誅節，欲成全功。謀尚未發，節竟以順帝虞貴人章陵之葬，說動中常侍張讓、趙忠等，復為大長秋、尚書令，節制羽林、虎賁兩軍，其勢更熾。翌日，四公以謀逆罪下獄，旋遇害。太祖時在城外，聞訊急回，擒節弟破石為質，自至尚書臺獨會節，迫其赦四公家眷。時橋玄在側，見而贊曰：“文琪內剛而外刃，鋒利為天下冠”。審配時為陳球家臣，因之歸心于太祖，甘為驅馳，太祖亦視其為股肱。節歸家，喟然嘆曰：“吾老矣！天下昏昏，能全我家者，必此子也。”乃遣人送女孫至太祖處。趙皇后知之，遂往魏郡節族中下聘，求為太祖側室，即馮夫人也。
光和元年六月，靈帝開西園，朝廷凡授官，皆以秩納錢。太祖恰出為遼東襄平令，聞之大怒，自尚書臺奉書即行，曾不稍顧。張讓、趙忠，面面相覷，竟不敢問。行路中，聞曹操棄職返鄉。太祖與操志趣相仿，素與之善，又思沛國乃文皇后故鄉，遂攜婁圭、韓當，輕騎至譙縣謁之。操親族曹仁、曹洪、夏侯惇、夏侯淵等，俱一時良才，與太祖相見親切，乃共議時局，相為激勵不可失丈夫青云之志。初，有黃龍現于譙。后三年，太祖與操共浴于渦水，復遇毒蛟，殺之。操妻丁夫人素賢，聞太祖尚無嗣，乃選己家樂姬顏色最好者贈之，太祖納為側室，即卞夫人也。太祖與操辭別，聞北海王修有賢名，專往訪之，求為幕僚，遂浮海至遼東。
太祖自誅殺王甫，面斥曹節，聲名日顯，漸為天下重。襄平長吏受取貪饕，依倚貴勢，歷前令不見舉；聞太祖至，一日盡去。于是政教大行，一縣清平。遼東邊郡，夷狄叢生，雜胡或百十為聚，或上萬為國，然俱慕王化，向往中國。唯高句麗自矜部眾蕃庶，山河險固，有進取遼東，宰割塞外之念，故長以漢為敵國。遼東百姓，頗受其苦。太祖履任，即欲為民除此大害，尚未定策。適高句麗亦欲圖漢，仿馬邑之謀，遣其國貫那部貴人至襄平，誑言其王老衰，諸部爭位，欲請太祖率漢軍為援，將以有報也。太祖洞燭其奸，偽與之盟。俟冬日，盡發遼東民團，又遣公孫越、公孫范往募諸部雜胡，整軍八千余，自備糧秣，往攻高句麗。公孫氏舊吏玄菟郡別部司馬徐榮，壯太祖之舉，自引本部千五百精騎往助。將發，趙皇后遣家人送白馬旗至，以做激勵，眾皆以為吉。
高句麗屯塞坐原，連營十一，凡十余年漢軍屢不得下，邊境苦之。軍至，太祖令速攻，眾皆以為不可。太祖曰：“汝等未解兵法之妙！”，遂嚴令韓當為先鋒，急攻之，賊惶恐大驚，以至中軍剛至，前軍已破二營。太祖遂令兵馬不駐，直趨向前，又親持白馬旗，督師至敵營門前而坐，敵當即大潰，全營盡失。眾將嘆服，皆以為當乘勝追擊，長驅直入，請于太祖，太祖曰：“高句麗，大國也。坐原雖失，精兵未損。且關山險遠，后勤艱難。以孤軍入險境，吾不為也！”遂令全軍加筑營壘，嚴守不出。凡五日，高句麗傾舉國之兵五萬來攻，漢軍據壘堅守，激戰三日，賊死傷慘重，糧矢將盡。審配自玄菟郡率四千軍來援，賊無奈退兵。太祖拜榮為騎兵司馬，總攬全軍騎軍七千，效鄢陵之戰，撤帳平灶，立騎陣于營中，復推倒營墻，直出敵陣。賊左相于畀留率萬眾相迎，一觸而潰，漢軍追陷潰兵直入賊營，復穿營而過，輟賊大眾之后，日夜不休，賊遂大潰。太祖發全軍追斬高句麗莫離支明臨答夫以下萬余級，直至其王都五女山城，一鼓下之，遂亡高句麗。以其國青壯俱喪，老幼無所依，乃遷其遺民數十萬口于遼東、遼西、玄菟、昌黎、樂浪諸郡以活之。及班師，朝廷得捷報大喜，以殊勛，封太祖無慮亭侯，遷趙國邯鄲令。無慮者醫無閭也，令支都亭，與名字相合，時人稱美。
太祖為邯鄲令，會河內名士向栩為趙相。栩性素卓詭不倫，及到官，略不視文書，日夜但坐于榻上，或長嘯，或高臥，乃至舍中生蒿萊。太祖入內，與之言語，三言即走。左右怪而問之，太祖嘆曰：“使漢室亡天下者，皆此類假譎人也！安可相交？”栩雖迂，然亦久知太祖之能，遂委國相印與之，自與太平道人王憲日清談不休。王憲字敏宏，太原晉陽人也，世代名族，容貌雄偉，不習儒，善望氣。年四十學道，初隨張角，久之乃去，人問之，曰：“角所傳，似是而非，純以詭譎愚人，非道家清凈之本，必不得久也。”初，與太祖相逢于中山豪門，座中目視太祖良久。太祖笑問曰：“公善望氣，可望的我能至兩千石否？”憲曰：“十年必達”。復問：“十年后何如？”憲笑而不語。翌日，憲遺書于太祖而走。書曰：“君氣赤紅而凝紫，冠絕座中諸人，十年后，君當青云直上，居凌霄而鞭撻宇內，如是而已！”太祖不信，笑而示左右即棄之，然書離手自燃，須臾灰飛煙滅，左右皆驚。
趙國功曹掾申氏者，恃其宗族強橫，素為不法。太祖遣修拿問，申氏竟臨街自為營塹抗之，修獨將三騎徑入其門，斬其子三人，遂族滅之。趙國豪右震怖，竊據郡職者，紛紛去位。太祖又設宴盡延之，眾皆惕惶而行。及至，太祖出《兩年計劃》，約以清流民、查丁畝、立公學、修水利等四事，更以孝廉及公學學位為賞，眾乃振奮，立誓相從。趙王聞之感佩，獻偏殿為書樓。太祖又聞蔡邕困頓并州，即遣人延為公學祭酒。越明年，一國大治。襄國縣長甄度勾結黑山賊，欲行不軌，為太祖識破，擒殺于國相官寺，冀州震恐。適劉焉新為方伯，乃微服私行，欲察其詳。至趙國，訪問野老，觀察行政，嘆曰：“觀邯鄲令為政，真龍虎勢也！”，遂發書九郡為彰。初，太祖南行時，卞夫人已有身，遂留令支，后誕女，即趙國公主離也。趙皇后聞之，喜且愧，乃為太祖求邯鄲秦氏女為側室，即秦夫人也。
光和二年秋，趙國大熟。冬，太祖發舉國之眾筑圪蘆河霞堤，自與國、縣長吏負石為工，眾無敢怠者。再月而成，趙國美之。劉焉聞堤成，親往視是，逢二賊行刺。關羽時為民夫，與州從事呂布各手格一賊，救焉，不受賞而去。太祖聞訊，夤夜往追，羽感其誠，遂拜為主。太祖攜其手而歸，引為腹心。焉感太祖之德，上疏力薦之。朝廷以太祖治政美甚，遠超同儕，拜議郎，轉中山太守。趙皇后父苞以互免法入為光祿勛。
太祖素重簡樸，為政清厲，任中山太守三載，大興文教，于盧奴設公學如邯鄲故事。郡治清平，流民多投，俱安之。然以長吏行政，常有急令，左右諷之。太祖乃曰：“天下漸鈍，士民如在釜中，吾觀之，如己身在釜中，安的不急？”。慮天下不靖，發郡中青壯，揀選拾伍，凡得五六千人，每于農閑演練。
光和三年十月，太宗仁皇帝定誕，太祖長子也，生母趙皇后。四年，涼康王平誕，生母馮夫人。中山公主臻誕，生母秦夫人。
光和六年，冬，太祖任滿三載，考績上，遷涿郡太守。涿郡豪右者，以奢侈無度聞于天下。及得太祖將至，豪右咸皆震怖，奸宄遁逃，竄入他郡。太祖速至，于道旁逢之，凜然斥曰：“爾輩者，入他郡便得安否？”豪右奸猾知其神武，皆惶恐，乃各自歸郡，復膝行請罪。一郡遂安。幽州刺史郭勛，久欲整頓范陽游商，慮前守庇之，且其事多涉盧氏，乃候前守已行，太祖未至，欲徐徐為之。事未備而太祖已至樊與亭，勛大急，誤太祖將為盧氏張目，遂夜訪樊與，欲逼停之。太祖聞之大怒，語勛曰：“方伯但安坐，某自為清白！”乃攜婁圭等夜馳范陽。及勛追至，猾商游俠，并皆一空。又助勛擒盧植長子，施以髡刑，罰沒家產徒附。人或勸曰：“豈有弟子破師門者？”太祖凜然曰：“師可敬，法更可敬！”。勛拜服，自是州郡和睦，上下一心。
光和七年正月，太祖察張角將生亂，乃征發糧秣軍資，招募游俠，整飭郡卒，陰為之備。劉備攜張飛、簡雍往投，太祖大喜。二月，張角果反，以“蒼天已死，黃天當立”號召四方，旬日之間，幽冀兗豫青徐荊七州，三十六方俱起。廣陽黃巾三萬眾圍涿城，太祖見敵至城下立寨，乃引公孫越、劉備、關羽、牽招、張飛、魏越、婁圭凡二十騎出城，透賊寨而還，賊不能傷也。及入城門中，眾將自矜夸斬獲不止，獨太祖不言。待諸將噤聲，太祖乃緩緩曰：“已得破敵策也，五日當覆。”眾將俱驚。太祖遂遣羽等，各數十騎馳突黃巾軍陣，一日或至三四，皆斬首而出。連戰數日，黃巾漸疲。太祖察其殆，以飛引二十騎誘敵，賊出全軍騎兵千余阻之，飛往來奔突，如入無人，賊不能制。太祖觀其陣散，度其氣衰，發白馬義從三百，側擊賊騎，千騎一時俱喪。賊帥程遠志無奈，驅賊眾蟻附攻城。太祖委事于眾將，返家高臥于榻，觀書不止，秦夫人在側，問：“城上利害？”答曰：“小兒輩必大破賊。”意色舉止，不異于常。翌日，賊力竭神疲，太祖乃發全軍出城擊之，一鼓而破，俘八千余眾。遠志欲逃廣陽，而太祖已先遣輕兵截斷道路。遠志無奈，攜殘軍南走范陽，欲投張寶，為關羽追斬于道。賊眾潰散，沖破寶北營，太祖趁機奪之。寶夜襲太祖營，為太祖識破，反奪其西營。寶度無能為，夜遁。太祖遣將復廣陽、漁陽，幽州遂安。
勛知太祖來救，夜墜城往見，問以方略。太祖答曰：“仆燕地一匹夫，自弱冠而受國恩。今黃巾驟起，天下震動。雖不才，愿提三千幽燕之士，南下河洛，以定社稷，以此獲罪，何負天下人乎？！”勛壯其言，起而拜，與聯名上疏。朝廷贊許，詔太祖領三千騎，入洛言事。太祖乃嚴選上谷代郡突騎兩千，漁陽鐵騎一千，并白馬義從及婁圭、韓當、張飛等，疾馳南下。旬日而至孟津，破賊帥馬元義部，洛陽為之一肅。何進時為大將軍，素知太祖之能，力薦之。靈帝遂拜鈦祖為五官中郎將，以騎都尉曹操副之，令出東郡討賊帥卜已。鈦祖以柏人令董昭有謀略，征為護軍司馬，并急召程普等，未至，而賊已北破清河，西叩轘轅，洛陽震動。鈦祖與幽燕并三河騎士七千眾歃血盟誓，曰：不棄一人于敵陣，不遺一骨于他鄉。遂急出至白馬，令關羽奇襲下之，賊眾震恐。
鈦祖聞濟陰有士名李進者，素知詩書，乃殫夜而往辟之。進感其德厚，逢鈦祖克城勤苦，乃慨然舉族而助。其族兵三千，皆父子兄弟，堅韌耐勞，每陣爭先。鈦祖即以其為先鋒，旬月之間，三渡大河，拔韋鄉，下頓丘，降咸城，克東阿。東郡賊軍，望風披靡，紛聚濮陽、東武陽二城，各兩萬余。鈦祖乃耀兵濮陽城下，偽言將攻東武陽，克之即往援河北，斷張角之背。卜已聞之，率全軍渡河往援。恰程普、高順率部至，鈦祖乃命其阻東武陽之賊，自率騎兵先擊破卜已軍，又與之合兵擊破東武陽賊軍，反驅之與卜已軍并至河。賊降者萬余人，余自卜已以下，皆蹈河而死。東郡遂平。
趙忠聞太祖已平東郡，思其繳獲必稠，乃遣門客索賄。太祖鞭殺之，令其仆攜一文錢歸，告忠曰：“予汝異日買命錢！”忠大恨，然終無奈何。太祖分賜糧食錢帛予東郡百姓及軍士。又揀選降兵青壯者，得萬余，合兩萬眾，出潁川長社，往攻賊帥波才。
才軍頗眾，可十萬余，兼有軍略。右中郎將皇甫嵩、左中郎將朱儁引漢軍與數戰不利，困于長社。翹首望援，旦暮皆驚。太祖臨洧水而不渡，慢賊之心，陰與嵩、儁等約以火攻。俟東風夜起，潛渡洧水，順風縱火，一夕而破賊。嵩、儁等正議追襲，聞太祖已先遣審配襲取陽翟，劉備擒斬波才，遂嘆服。又聞太祖直入長社，委全軍于儁，是推功予之，救其前過，愈德之。長社鐘繇，時之名士也，見太祖而折心，曰：“真吾主也！”然困于黨錮，遂薦棗祗、戲忠為幕屬，太祖辟之。
六月，朝廷以功進太祖良鄉侯，皇甫嵩都鄉侯，朱儁西鄉侯。詔罷郭勛河北副將，以太祖掌冀州北面戰事，討張寶。太祖分步卒予操，往助盧植，自引萬騎出邯鄲臨下曲陽。所部護烏桓校尉宗元、鉅鹿太守郭典、常山相馮歆、中山太守張純等，聞太祖至，皆肅然整軍，知大戰至也。太祖至軍三日，合七萬眾強渡滹沱河，往攻下曲陽。時張寶軍十萬，皆背城臨河列陣，欲擊半渡，寶自據土山觀望。太祖先令公孫越督萬騎繞道渡河，又令典、純兩翼搶渡設壘，引賊往攻。以張郃率大戟士數百先渡，自引白馬義從緊隨，強攻寶本陣。賊蜂擁來攻，太祖視若未睹，前移儀仗者三。漢軍望見，皆忘死奮戰，純歿于陣中，郃部死傷殆盡，孤身至寶陣前，擲矛殺其副帥，寶驚走，賊軍潰散。越自后而擊，覆賊八萬余，逃歸者不足兩萬。董昭、戲忠、馮歆等，隔河觀戰，為之神馳。太祖進而圍城，料寶無能為，遂圍壘設壁，不攻。更使軍中蹴鞠為樂，兼整備營屬、汰弱選優，復選軍中勇士充白馬義從。月余，賊內亂，寶自焚，遂復下曲陽。
前，河北主將董卓圍張角于廣宗，久而不克，以貽誤戰機檻車入洛，詔皇甫嵩代之，嵩至而角病死，廣宗動搖。嵩趁機發兵，大破角弟梁。太祖既克下曲陽，遂與嵩合兵更圍廣宗。梁愈恐，乃潛夜勒兵，馳赴鉅鹿澤。太祖與嵩立發兵，以步卒破城，行騎兵斷梁于漳河，戰至晡時，各大破之。斬梁。角剖棺戮尸，傳首京師。廣宗累獲首三萬級，赴河死者五萬許人。天下乃平。拜太祖光祿大夫，入洛論功。
十月，拜太祖衛將軍，領河內太守，封薊侯、特進，食邑六千戶。
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